آگارز در زیست‌شناسی مولکول برای جداسازی مولکول‌های بزرگ، به ویژه DNA، توسط الکتروفورز استفاده می‌شود. صفحات ژل آگارز (معمولاً ۰٫۷ تا ۲٪) برای الکتروفورز به راحتی توسط ریختن محلول گرم و مایع به یک قالب تهیه می‌شوند.