از آنجا که خروج، ورود و گردش هوا در اتاق تمیز باید کنترل شده باشد، اگزاست فن ها در این اتاق ها اهمیت دو چندانی دارند. معمولا در طراحی های اتاق تمیز، هوا پس از مراحل مختلف فیلتراسیون از هواسازها تامین می شود و از یک سو مانند سقف وارد اتاق تمیز می شود و از سوی دیگر توسط اگزاست فن ها از اتاق خارج می شود. حال این هوا گاه به طور کامل به محیط بیرون داده می شود و یا با توجه به طراحی و کاهش مصرف انرژی هوای خارجی از اتاق تمیز و یا انرژی آن به سوی هواساز باز می گردد. معمولا در اینگونه موارد از اگزاست فن هایی استفاده می شود که خود دارای فیلتراسیون مانند فیلتر هپا هستند.